Dyrevelfærdsmærket hører lovgivningsmæssigt under Fødevarestyrelsen og Ministeriet for Fødevarer, Landbrug og Fiskeri. Der er nedsat en styregruppe med deltagelse af chefer fra Fødevarestyrelsen og Ministeriet for Fødevarer, Landbrug og Fiskeri, som har den overordnede beslutningskompetence for drift og udvikling af mærket. Den daglige drift varetages af to tværgående teams internt i Fødevarestyrelsen.
Fødevarestyrelsen er partnerskabsleder for partnerskabet bag Dyrevelfærdsmærket. Der afholdes fælles partnermøder, hvor Fødevarestyrelsen blandt andet informerer om igangværende og kommende aktiviteter. Medlemmer i partnerskabet bag Dyrevelfærdsmærket kan indgå i relevante ad hoc arbejdsgrupper, som Fødevarestyrelsen inviterer til. Der findes desuden en fast arbejdsgruppe vedrørende kommunikation og markedsføring af mærket, som Fødevarestyrelsen er tovholder på.