EU har opstillet en række krav til kvaliteten af fisk, som anvendes til produktion af fiskeolie, bl.a. skal olierne fremstilles af fisk, der er egnet til menneskeføde, dvs. de skal opbevares på køl, så de ikke fordærver. Disse krav gælder også for fiskeolie produceret uden for EU, men solgt i EU. Fødevarestyrelsens prøver af fiskeolier viser ikke problematisk indhold af uønskede stoffer som fx dioxin. Der er ikke bekymring for indhold af PFAS i fiskeolie, da PFAS ikke bindes til fedtstof men til protein i fødevarer.
Fiskeolie, der skal bruges til mennesker, gennemgår en række oprensningstrin, der fjerner spormetaller og kontaminanter som kviksølv og dioxiner samt frie fedtsyrer, som kan give en bitter smag og gøre olien mere tilbøjelig til at harskne.
Fiskeolier har et højt indhold af omega-3 fedtsyrer. Studier har vist, at indholdet af omega-3 fedtsyrer ikke bliver reduceret nævneværdigt ved harskning af fiskeolier, idet mindst 85 % af omega-3 fedtsyreindholdet vil være bevaret i fiskeolieprodukter, der holder sig indenfor branchens egne kvalitetskrav.