Logbøger forhåndsvalideres efter dyrevelfærdskrav, og INTRA-certifikater underskrives på baggrund af dyresundhedskrav. Dette betyder, at selvom en logbog er vurderet realistisk i forhold til dyrevelfærdskravene og derfor forhåndsvalideret, så kan INTRA-certifikatet ikke nødvendigvis underskrives, for eksempel hvis dyrenes eller landenes status i forhold til en husdyrsygdom forhindrer dette.

Regler om dyrevelfærd knytter sig til transport- og kontrolforordningen, hvor regler om dyresundhed knytter sig til kontrolfordringen og til AHL (Animal Health Law).