Fødevarestyrelsen har et stående veterinært beredskab, som håndterer de daglige indmeldinger om mistanke om og fund af smitstoffer hos dyr. Håndteringen afhænger af sygdommens alvorlighed. Ved mistanke om alvorlige sygdomme tager en embedsdyrlæge fra det veterinære beredskab straks ud og besøger den mistænkte besætning. Ved besøget undersøges dyrene, og der tages prøver for at få afklaret mistanken. Hvis besætningen konstateres smittet aktiveres kriseberedskabet. Læs mere herom længere nede på siden.
Ved mindre alvorlige sygdomme aftales forløbet med besætningens ejer og dyrlægen, som er tilknyttet besætningen. Hvis en besætning konstateres smittet med mindre alvorlige sygdomme, vil besætningen blive pålagt særlige kontrolforanstaltninger. Det vil ofte indbefatte forbud mod flytning af dyr til og fra besætningen samt særlige smittebeskyttende tiltag, som for eksempel krav om desinfektion af udstyr, som er anvendt i besætningen.
Et effektivt veterinært beredskab er vigtigt for at minimere udbruddets konsekvenser mest muligt. Det veterinære beredskab er løbende under ressourcemæssig tilpasning med henblik på at kunne håndtere kriser af kendte og ukendte sygdomme.