Fødevarestyrelsen består af fem faglige forretningsområder: Kødkontrol, Økonomi, Veterinær, Fødevarer, samt Innovation- og Udvikling.
- Kontrolområdet varetager kødkontrolenheder, samt kontrol af alle slagtedyr før og efter slagtning. Kødkontrollen varetager også opgaverne vedrørende slagterier og de små slagtehuse samt udgående kontrol.
- Økonomi varetager udover opgaver relateret til økonomi også opgaver relateret til UE, HR, IT, Data og Forretningsprocesser samt Kunder og forretningsservice.
- Veterinærområdet varetager udgående kontrol, beredskab samt regeldannelse og politikudvikling i forhold til dyresundhed, dyrevelfærd og veterinærmedicin.
- Fødevareområdet varetager beredskab samt regeldannelse, kontrol og politikudvikling i forhold til foder og fødevaresikkerhed, samt kemi og fødevarekvalitet.
- Jura varetager juridisk rådgivning og koordination, regeludstedelse og -fortolkning, forvaltningsret mv.
Fødevarestyrelsen beskæftiger ca. 1800 medarbejdere og er en del af Ministeriet for Fødevarer, Landbrug og Fiskeri som en af tre styrelser under ministeriet.