Som led i Fødevarestyrelsens kontrol kan der blive udtaget prøver til laboratorieanalyse. Det overordnede formål med prøveudtagningen kan være kontrol, overvågning eller kortlægning.
Kontrol
Der udtages prøver for at kontrollere, om virksomhederne overholder reglerne.
Den slags prøver tages, når der er fastsat grænseværdier i reglerne eller aftalt aktionsgrænser. En overskridelse vil give anledning til en præcis vurdering af foder- og fødevaresikkerheden eller dyresundheden i det enkelte tilfælde.
Det er f.eks. de prøver, der udtages for at sikre, at reglerne for brug af veterinære lægemidler overholdes.
Overvågning
Fødevarestyrelsen udtager prøver statistisk fordelt på bestemte vare- og dyregrupper, virksomhedstyper og årstider - eller en kombination af flere faktorer, for at følge udviklingen over længere tid eller at få overblik over et område.
Udviklingen over længere tid kan også være relevant at følge, hvis der er en mistanke om, at befolkningen får for meget af en bestemt type stoffer – f.eks. sprøjtemidler fra grøntsager. Eller det modsatte - hvis befolkningen måske får for lidt af bestemte stoffer – fx vitaminer eller mineraler.
Kortlægning
Et tredje formål med at udtage prøver kan være at holde øje med, om der er brug for nye regler eller advarsler.
Fødevarestyrelsen bliver f.eks. advaret af sundhedsmyndighederne, hvis lægerne ser en stigning i antallet af patienter med en ny slags sygdom, som ikke er set før, og der er mistanke om, at sygdommen stammer fra nogle bestemte fødevarer.
Fødevarestyrelsen kan også få oplysninger fra andre lande, som har fundet mange sygdomsfremkaldende bakterier i bestemte fødevarer. Hvis bakterierne ikke før har givet problemer i Danmark i disse typer fødevarer, undersøger Fødevarestyrelsen, om de findes i tilsvarende varer på det danske marked.