Derudover foretager Fødevarestyrelsen på mærkningsområdet som udgangspunkt ikke kontrol med fødevarer mærket med Varefakta-logo i forbindelse med Fødevarestyrelsens basiskontrol. Disse varer bliver kontrolleret af Varefakta, som visse fødevarevirksomheder har indgået en frivillig aftale med.