For at forebygge sygdom pga. fødevareforureninger er der i EU-lovgivningen fastsat mikrobiologiske kriterier, der angiver, hvornår en fødevare har en tilfredsstillende mikrobiologisk kvalitet.
Mikrobiologiske kriterier er et redskab til virksomhederne, som kan bruges til kontrol af, at deres produktionshygiejne er tilfredsstillende og fødevaresikkerheden er i orden. Salmonella må f.eks. ikke være tilstede i hakket kød, og der er fastsat grænseværdier for, hvor mange E. coli bakterier, der må være.
Virksomhederne skal, med en vis årlig frekvens, undersøge prøver af det, de producerer, for at vise, at de overholder de mikrobiologiske kriterier.
For at verificere, at virksomhederne overholder de mikrobiologiske kriterier i deres produkter, fører Fødevarestyrelsen kontrol med at virksomhederne udtager og analyserer prøverne korrekt, herunder bruger et laboratorium, som opfylder de fastsatte krav. Fødevarestyrelsen skal derudover føre kontrol med, at virksomhederne reagerer på utilfredsstillende resultater.