Der skelnes mellem to slags lagre. Lagre, som oplagrer animalske biprodukter, skal overholde krav beskrevet i artikel 19 og bilag IX, kapitel II til gennemførelsesforordningen. Lagre, som oplagrer afledte produkter til visse formål, skal overholde krav beskrevet i artikel 19 og bilag IX, kapitel III til gennemførelsesforordningen. Det gælder følgende påtænkte formål:
- bortskaffelse ved deponering eller forbrænding
- anvendelse som brændsel til forbrænding
- anvendelse som foder og ikke lagre omfattet af foderhygiejneforordningen
- organiske gødningsstoffer og jordforbedringsmidler, dog ikke hvis det lagres samme sted, som det bruges
I bilag IX kapitel II og III fastlægges krav til lagre til animalske biprodukter og afledte produkter. Der er blandt andet krav til beliggenhed, indretning, personalefaciliteter, rengøring og desinficering.
Det er vigtigt at undgå krydskontaminering af de respektive kategorier. Dette gøres ved hjælp af egenkontrol og procedurer, som sikrer en fysisk adskillelse på lagret.
Der gælder særlige krav vedrørende oplagring af visse typer mælk, mælkebaserede produkter og produkter afledt af mælk
Kravene fremgår af bilag IX, kapitel III afsnit 2, hvor der er opgivet specifikke krav for visse typer af produkter afledt af mælk. Det drejer sig om krav til oplagring og prøver af slutprodukterne, herunder de specifikke mikrobiologiske normer.