Svampe bør altid opvarmes. Mange svampearter kan give mavebesvær eller andre gener på grund af giftige stoffer, der først uskadeliggøres ved opvarmning – det gælder også de dyrkede svampe, både konventionelle og økologiske, som du kan købe i supermarkedet.
Du bør ikke spise for mange rå champignon eller portobello da små mængder naturlige stoffer (phenylhydraziner) i champignon kan være kræftfremkaldende. Tilberedning reducerer mængden. Du bør heller ikke spise svampen shiitake rå eller halvrå, fordi du risikerer at udvikle et voldsomt kløende hududslæt typisk 24-48 timer efter at have spist svampen. Hvis du opvarmer shiitake, nedsættes indholdet af giftstoffet lentinan, som menes at være årsag til symptomerne.