Særlige grupper af bakterier kan indikere, om der er en god hygiejne i en fødevarevirksomhed. Det er såkaldte indikatorbakterier eller hygiejneparametre. Hvis man finder disse bakterier i en fødevareproduktion, kan der være øget risiko for, at der også er sygdomsbakterier og virus i fødevaren. Det kan være tegn på f.eks. utilstrækkelig varmebehandling, ikke korrekt nedkøling, krydskontamination, utilstrækkelig rengøring, opbevaring ved for høj temperatur eller en uacceptabel mikrobiologisk kvalitet af produktet.
Disse bakterier eller grupper af bakterier bliver ofte brugt som indikator og/eller indeksorganismer, når man undersøger fødevarer:
- Aerobt kimtal
- Enterokokker
- Enterobacteriaceae
- Coliforme bakterier
- Escherichia coli
- Gær og skimmel