For at undgå svampevækst og produktion af mykotoksiner er det vigtigt, at afgrøden tørres effektivt efter høst, og at den opbevares ved den rette temperatur og luftfugtighed. Der er flere eksempler på, at korn har haft et højt indhold af forskellige mykotoksiner, fordi kornet blev høstet med højt vandindhold og efterfølgende tørret for dårligt, eller fordi det blev opbevaret under fugtige forhold.
For mange afgrøders vedkommende er mykotoksiner meget uensartet fordelt i råvaren. Indholdet af mykotoksiner i råvarer kan i mange tilfælde mindskes ved at sortere synligt angrebne dele af partiet fra.